بخش حمل و نقل ریلی مپنا با هشت شرکت زیرمجموعه خود، شامل شرکت مهندسی و ساخت لکوموتیو مپنا، شرکت تعمیرات و توسعه بهره‌برداری ریلی مپنا، شرکت احداث و توسعه ریلی مپنا، شرکت فناوریهای ریلی مپنا، شرکت توسعه ناوگان ریلی مپنا و شرکت حمل‌ونقل چند وجهی مپنا، شرکت واگن پارس مپنا و شرکت مهندسی احیا صنعت و ادوات به منظور توسعه صنعت ریلی در ایران و همچنین صادرات تجهیزات و خدمات مهندسی به کشورهای همسایه و بازارهای منطقه تاسیس شده است.
گروه مپنا با هدف توسعه زیرساخت‌ها و بومی‌سازی صنعت ریلی ایران و با سرمایه‌گذاری‌های کلان به حیطه حمل و نقل ریلی وارد شد و در سال 1387 ساخت کارخانه مهندسی و ساخت لکوموتیو مپنا را با هدف استقلال در طراحی، مهندسی و تولید لکوموتیوهای باری، مسافری و مانوری شروع کرد. درست بلافاصله بعد از راه‌اندازی خط تولید لکوموتیو مسافری تحت لیسانس زیمنس طی سال‌های 89 و 90 پیشنهادی در راستای ساخت لکوموتیوهای مسافری، باری و مانوری از سمت تیم مهندسی شرکت با عده‌ای از مدیران ارشد مطرح شد و کسب دانش مهندسی این لکوموتیوها از سوی نیروی متخصص داخلی در اولویت‌های گروه مپنا در سال‌های 91 تا 92 قرار گرفت، تا این‌که طی 18 ماه شش دستگاه لکوموتیو تونلی در این شرکت تولید شد و به بهره‌برداری رسید.
با توجه به عملکرد خوب این گروه در حوزه نیروگاهی و ایجاد بستری مناسب جهت استقلال کشور در حوزه انرژی، طی مذاکراتی بین گروه مپنا، راه آهن جمهوری اسلامی و شورای اقتصاد در نهایت گروه مپنا تصمیم به ورود به حوزه ریلی گرفت و با آغاز پروژه ساخت لکوموتیو سفیر در شرکت مهندسی و ساخت لکوموتیو مپنا (MLC)، فعالیت در حوزه حمل ‌و نقل ریلی را گسترش داد. در این پروژه، شرکت زیمنس آلمان آموزش‌های لازم در زمینه‌های عملیات مونتاژ، راه‌اندازی، طراحی و راه‌اندازی لکوموتیو را به متخصصان ایرانی منتقل کرد و در مقابل، گروه مپنا مسئولیت ساخت و احداث فضای مناسب برای تولید این لکوموتیوها را عهده‌دار شد.
پس از چندی گروه مپنا در زمینه قطار شهری نیز فعال شد. حضور این گروه در پروژه‌های مترو به سال 1387 و شرکت در مناقصه مترو مشهد و به‌دنبال آن شرکت در مناقصه مونوریل قم در سال 1388 برمی‌گردد. ویژگی‌های مهندسی، مدیریتی و تامین مالی گروه مپنا، مزیتی محسوب می‌شدند که باعث پیشرفت این گروه در حوزه ریلی و ورودش به مناقصه‌های مترو تهران و در نهایت امضای قرارداد خط 6 مترو تهران در سال 1395 شدند.
در حال حاضر چشم‌انداز گروه مپنا در حوزه ریلی توسعه بازار داخلی و استفاده از نیروهای متخصص بومی برای طراحی و ساخت تجهیزات ریلی است. این گروه همزمان با رشد صنعت حمل و نقل ریلی کشور، برای ورود به بازارهای خارجی برنامه‌ریزی می‌کند.